自近代以来，南京总统府多次成为中国政治、军事的中枢、重大事件的策源地，中国一系列重大事件或在这里发生，或与这里密切相关，一些重要人物都在此活动过，是近代中国历史的重要遗址。
南京总统府位于南京市玄武区长江路292号，是中国近代建筑遗存中规模最大、保存最完整的建筑群，也是南京民国建筑的主要代表之一，中国近代历史的重要遗址，现已辟为中国近代史遗址博物馆。
南京总统府建筑群占地面积约为9万余平方米，既有中国古代传统的江南园林，也有近代西风东渐时期的建筑遗存，有中式官衙建筑、中式园林建筑、西式建筑以及民国公共建筑等，著名碑碣散布其间。
南京总统府的历史可追溯到明初的归德侯府和汉王府，清代被辟为江宁织造署、两江总督署等，清康熙、乾隆南巡均以此为行宫。太平天国定都天京（今南京）后，在此基础上扩建为天王府。1912年1月1日，孙中山在此宣誓就职中华民国临时大总统，辟为大总统府，后来又为南京国民政府总统府。
总统府（中国近代史博物馆）占地面积9万平方米，共分三个参观区域。中区（中轴线）主要是国民政府、总统府及所属机构；西区是孙中山的临时大总统办公室、秘书处和西花园，以及参谋本部等；东区主要是行政院旧址、马厩和东花园。一系列展馆和史料陈列，则分布在这三个区域中。
南京总统府的前世今生
元末明初，陈友谅的大汉政权和朱元璋政权双方大战。陈友谅身死后，次子陈理继位，后投降了朱元璋。朱元璋授陈理为归德侯，赐宅第，就是归德侯府（即是现在的南京总统府）。
永乐二年明成祖朱棣封次子朱高煦为汉王，将归德侯府扩建为汉王府，府内“煦园”的名称沿用至今。
清军入关后，明汉王府旧址被辟为江宁织造署、江南总督署、两江总督署。
清康熙、乾隆下江南时均以江南织造府为“行宫”。康熙六下江南，四次居住在当年的江宁织造府，因此就把江宁织造府所在地称为大行宫。
清咸丰三年（1853年）3月29日，太平军占领南京，定都天京，建立太平天国政权。暂住藩习衙署，不久后开始修缮两江总督署，5月开始在原两江总督署的基础上修建天王宫（今天王府），随即以原两江总督署为中心，扩建为天王府。至11月，不慎失火，夷为平地。
清咸丰四年（1854年）2月，天京天王宫再次破土动工重建。清同治三年（1864年）6月1日，幼天王洪天贵福继位。
1864年7月19日太平天国天京失守，随后清军屠城，湘军攻破天京后太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火，焚毁宫殿建筑。
清同治九年（1870年）重建两江总督署。林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等均任过两江总督。
清宣统三年（1911年）10月辛亥革命爆发，江浙联军克复南京，遂议决南京为临时政府所在地。
民国元年（1912年）1月1日，孙中山先生在此处宣誓就任中华民国临时大总统，并组建中华民国，定1912年为民国元年，并成立中华民国临时政府。
1912年4月，临时政府结束，在这里成立了以黄兴为留守的南京留守府。
民国二年（1913年）“二次革命”中，成为讨袁军总司令部，黄兴、何海鸣先后任司令。
民国二年至民国十六年（1913年至1927年），这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构。军政主官有程德全、张勋、李纯、齐燮元、卢永祥、冯国璋、孙传芳、杨宇霆、张宗昌等人。
民国十六年（1927年）4月，南京国民政府成立后不久，即于9月移驻这里办公。
民国十七年（1928年）10月，国民政府实行五院制，辟国民政府东院（东花园）为行政院办公处，国府西院（西花园）为国民政府参谋本部和主计处。至1937年11月，谭延闿、蒋介石、林森先后任国民政府主席；谭延闿、宋子文、蒋介石、陈铭枢（代理）、孙科、汪精卫先后任行政院长；李济深、何应钦、朱培德、蒋介石、程潜先后任总参谋长；陈其采为主计长。
民国二十七年（1938年）3月28日，梁鸿志等人在南京成立日本傀儡政权中华民国维新政府。
民国二十九年（1940年）3月，维新政府和另一傀儡政权中华民国临时政府并入汪精卫南京国民政府。汪伪政权的正式成立，表明汪精卫集团完全沦为日本侵华的工具。国民政府先后成为日军第16师团部和伪维新政府行政院，以及汪伪政府的立法院、监察院和考试院；国府东院成为伪交通部、铁道部等机构；国府西院成为伪军事参议院。
民国三十五年（1946年）5月，国民政府从重庆还都南京后，仍为国民政府所在地。东花园成为国民政府社会部、地政部、水利部和侨务委员会；西花园则成为国民政府主计处、军令部，总统府军务局、首都卫戍总司令部。
民国三十七年（1948年）5月20日，蒋介石、李宗仁在行宪国大分别当选总统和副总统后，国民政府改称总统府。
1949年4月23日，中国人民解放军解放南京，24日凌晨攻占总统府，南京解放。南京解放后，总统府一直作为机关办公场所。
1982年，南京总统府（台湾当局领导人幕僚机构）以太平天国天王府名义被列为全国重点文物保护单位。
自20世纪80年代以来，机关单位陆续搬迁，并于1998年在总统府旧址之上，开始筹建中国近代史博物馆。
1999年以来，博物馆征集、收购散落在民间的国民政府印章、照片和重要文件等珍品，还曾通过一些专家学者和国家有关机构向海外的国民党人士及其后裔征集大量文物史料进行复原陈列，主要包括晚清与民国史料陈列、洪秀全历史文物陈列、原国民政府五院文物史料陈列、台湾当局领导人幕僚机构文物史料陈列和孙中山先生生平事迹展等，展示了中国近代史的演变过程。
2003年3月，中国近代史遗址博物馆建设工作完成，并正式对外开放。
2004年，南京总统府（中国近代史博物馆）被评为国家4A级旅游景区。
2013年1月，南京总统府门楼保护性修缮工作取得阶段性成果，历时2个多月的外立面修缮基本完成，门楼为1932年的外观进行保护性修缮。